クチクラ層を透過したUV-Bは表面細胞に作用してフラボノイド系色素の合成を促進することが知られています。UV-Bによるフラボノイド合成の促進反応は、UV-Bの植物に対する影響の中で最も研究が進んでいて、UV-Bによってどんな遺伝子が活性化されるのかも明らかにされています。フラボノイドはフェニルアラニンを前駆体として合成されることがわかっていて、合成される経路のうちPAL,4CL,CHSをコードとする遺伝子の発現がUV-Bで活性化されることが明らかとなっています。また、ACCaseについても、その酵素蛋白質の量がUV-Bで速やかに増加することが示されています。フラボノイドはUV-B領域に吸収を持つものが多く、これらが紫外線(UV)に対する防御物質であることが、シロイヌナズナの突然変異体の解析から明らかになっています。例えば、4CLまたはCHSの活性を失っている突然変異体はフラボノイドの合成が低下していて、UV-Bに対して感受性になっていることが示されています。
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